不过因为绑架世间一切之善教会主教的事情，沁兰之月王国与神圣晴空帝国的关系变的有些紧张，民间往来虽然没受太大影响，但拉娜瑟丝的身份却比较敏感，她隶属于沁兰之月王国最为隐秘的部队“月之暗影”，这是一支有别于精灵的传统，行走于黑暗之中的部队，手段也极为狠辣决绝，无论在人类还是兽人当中她拉娜瑟丝都是恐怖与危险的代表，再加上女王病重之事不能被别人得知，拉娜瑟丝只好偷偷地潜入了进来。自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。
