第三季故事开始于第二独立也不知道是哪位去过东大陆的商人宣扬出去的，说东大陆有一种能够治疗一切伤病的金丹，哪怕是死人吃了也能马上复活，这明显是商人们的夸大言辞，但对于已经近乎绝望，急病乱投医的精灵们来说却是最后的一丝希望，他们已经开始组织船队准备前往东大陆求取金丹了，但就在这个时候，东大陆使团到达的消息传来，于是拉娜瑟丝便在第一时间赶来，为的就是求取那传说中能够治疗碧翠丝女王的金丹。团抵达查尔斯顿七个月后。在此期间，查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，Tom Mason被推选为政治领袖（相当于总统）。但他大多数时间不是待在办公室里处理政务，还是率领军队顽强抵抗外星入侵者的一次次进攻。与前任Manchester博士比起来，Tom在对待外星人的态度上更具侵略姓也更主动。查尔斯顿Z府与起义的「突击者」形成了不太牢靠的联盟关系，Tom让「突击者」起义军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引发了一些人类的不满，两个种族的关系持续紧张。「突击者」起义军在战斗前总是将脸上涂满红黄相间的条纹，以纪念在第二季结尾英勇牺牲的领袖「红眼」。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿Z府与「突击者」起义军之间的联络人。无论人类还是「突击者」都明白，他们即便联手也很难打败强大的敌人——此前被第二独立团戏称为「鱼头」的外星种族Espheni。虽然他们的君王已死，但另一个更强大、更邪恶的君王刚刚继承了统治权。更糟糕的是，一个全新的外星种族在双方激战正酣时抵达地球并迅速投身战场。
